/paper-write-sci

name: paper-write-sci
description: 根据 LaTeX 论文项目撰写、修订和润色 SCI 期刊论文，默认 AI 自主模式，也支持人机协作仅输出审查计划；提供作者风格化写作、数字事实核验、逻辑树多轮审查与 PDF/Word 渲染闭环。⚠️ 不适用：仅改格式/样式参数、纯参考文献管理、图片处理、非论文写作任务。
metadata:
  author: Bensz Conan
  short-description: SCI 论文写作与修订 skill（支持风格化、数字审查、逻辑审查）
  keywords:
    - paper-write-sci
    - write-paper-sci
    - SCI论文写作
    - 期刊论文
    - LaTeX论文
    - 论文润色
    - 风格化写作
    - 数字审查
    - 逻辑审查

Paper Write SCI

BenszAPI 任务工作区

本 Skill 的新任务中间文件统一写入 `./.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/{skill名}/input|output|log/`。同一任务复用一个任务根目录；多 Skill 协作才创建 `shared/`。正式交付物不写入该目录，历史隐藏目录只允许显式兼容读取、迁移或清理。

与 bensz-collect-bugs 的协作约定

• 因本 skill 设计缺陷导致的 bug，先用 `bensz-collect-bugs` 规范记录到 `~/.bensz-skills/bugs/`，不要直接修改用户本地已安装的 skill 源码；若有 workaround，先记 bug，再继续完成任务
• 只有用户明确要求“report bensz skills bugs”等公开上报时，才用本地 `gh` 上传新增 bug 到 `huangwb8/bensz-bugs`；不要 pull 或 clone 整个仓库

用于根据 LaTeX 论文项目、Figure/Table 注释和用户补充要求，撰写或优化 SCI 期刊论文正文。

执行时优先把确定性步骤交给脚本，把启发式判断留给 AI：

• 初始化工作区、模式归一化、风格选择、计划文件命名：使用 `config.yaml:scripts.prepare_workspace`
• 长规则块按需从 `references/` 读取；不要把所有参考文档一次性塞进上下文

目标

• 写出更像作者本人、而不是通用 AI 模板的论文
• 控制 SCI 论文语气，少用带冒号的口语化解释句，优先写成自然递进的完整句
• 在 `Introduction` 中协调核心观点、核心痛点和核心问题的出现频率，避免反复重提同一主张导致冗余
• 在写作与修订过程中严格保护数字、逻辑和术语一致性
• 默认直接推进修改；当用户需要人机协作时，只输出计划，不直接改论文
• 除明确约定的对外交付物外，把所有中间文件收敛到 `<paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/`

输入

| 输入项 | 是否必须 | 说明 | |---|---|---| | 论文源代码目录 | 必须 | LaTeX 论文项目根目录 | | Figure/Table 注释 | 必须 | 解释每张图表支撑什么论点、有哪些关键数字 | | 用户要求 | 可选 | 例如“只改 Results”“偏保守润色”“补强 Discussion” | | 参考论文/参考作者材料 | 可选 | 用于提炼额外风格信号，只学风格，不抄句子 | | 运行模式 | 可选 | 默认值与别名以 `config.yaml:mode` 为准 | | 风格 | 可选 | 默认值与可用列表以 `config.yaml:style` 为准 |

输出

`autonomous`

• 直接修改目标正文文件
• 将分析、审查、渲染日志写入当前运行目录 `<paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/`
• 若检测到可用构建链，尝试重新渲染 PDF 和 Word

`collaborative`

• 只输出计划文件，文件名模式以 `config.yaml:runtime_outputs.collaborative_plan_pattern` 为准，默认带上本轮 `run_id`
• 计划中总结论文缺陷、证据、建议修复方案、影响文件和风险
• 不直接修改论文内容
• 计划以外的中间文件仍写入当前运行目录 `<paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/`

模式规则

`autonomous`（默认）

• 发现问题就直接修复
• 采用最小必要改动原则
• 在写入任何新数字前，必须先过数字审查
• 在结束前，必须通过章节职责终审、全文一致性终审和逻辑树终审

`collaborative`

• 先完整读论文，再归纳缺陷和修改路径
• 计划仅作为人类审查材料，不对正文落笔
• 计划文件名、主题 slug、`run_id` 和输出目录都以 `config.yaml:runtime_outputs` 为准
• 计划内容至少包含：问题、证据、建议动作、影响章节、关联图表、风格锚点、章节分工风险、风险说明

中间文件约束

除下列“明确约定的对外交付物”外，其余中间文件都必须放在 `<paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/`：

• `plans/{collaborative_plan_pattern}`
• 论文最终构建产物，例如项目已有的 PDF 和 Word 输出

禁止再使用旧目录 `.write-paper-sci/` 与更早的 `.write-paper/`。

风格系统

• 风格目录：`references/styles/`
• 风格模板：`references/styles/style-template.md`
• 默认风格以 `config.yaml:style.default` 为准

当前风格：

| 风格 | 领域 | 作用 | |---|---|---| | `bensz-01` | 生物医学 | 以作者风格为中心，强调问题导向、方法命名、强数字对比、详尽且对非领域读者友好的 figure legend，以及诚实局限 | | `general-01` | 通用 SCI | 综合官方 SCI 写作建议，提供未指定领域时的稳健默认风格 |

风格使用原则：

1. 优先使用用户显式指定的风格 2. 若用户提供了参考论文或作者材料，可在所选风格基础上提炼额外信号，保存到当前运行目录的 `analysis/reference-style.md` 3. 若用户未指定，则使用 `config.yaml:style.default` 4. 风格服务于“更像人”，不是为了堆砌花哨句子 5. 风格只能改变表达方式，不能改变事实、数字和逻辑 6. 当任务是“全面润色”“重写 Discussion”或任何明显涉及 `Discussion` 去结果化的请求时，先用 `general-01` 守住章节分工底线，再叠加 `bensz-01` 的作者感；不要让作者风格压过章节职责

按需读取的参考文件

优先只读取当前任务所需的参考文件：

• 风格与章节写法：`references/writing-style-guide.md`、`references/styles/bensz-01.md`、`references/styles/general-01.md`
• 执行护栏与通过标准：`references/execution-guards.md`
• 协作计划模板：`references/collaborative-plan-template.md`
• 数字审查模板：`references/templates/number-check-template.md`
• 章节职责审查模板：`references/templates/section-role-check-template.md`
• `Discussion audit` 模板：`references/templates/discussion-role-check-template.md`
• 逻辑树模板：`references/templates/logic-tree-template.md`
• 逻辑审查模板：`references/templates/logic-check-template.md`

读取建议：

• 涉及章节串位、`Discussion` 重写或全文终审时，读取 `references/execution-guards.md`
• 只做风格化润色或图注润色时，优先读取 `writing-style-guide.md` 和目标风格文件
• 新增风格时，再读取 `references/styles/style-template.md`

工作流程

阶段 0：初始化

1. 确认论文目录、Figure/Table 注释存在且可读 2. 定位主入口 tex，优先检查 `main.tex` 3. 扫描 `\input{}` 和 `\include{}`，建立章节路径映射 4. 识别构建方式与受保护格式文件 5. 运行 `python3 scripts/prepare_workspace.py --paper-dir <paper_dir> [--mode ...] [--style ...] [--topic ...] [--reference-material ...]` 6. 根据脚本输出确认本轮 `{yyyy-mm-dd-hh-mm}` 目录、协作计划路径和隐藏工作区根目录 7. 若有参考论文或参考作者材料，提炼补充风格信号 8. 若任务涉及章节职责、数字、缩写或逻辑高风险问题，读取 `references/execution-guards.md`

阶段 1：理解当前论文

1. 读取全文正文与关键 front/back matter 2. 对照 Figure/Table 注释，提取每张图表支撑的论点 3. 识别已有优质段落、薄弱段落、事实风险、风格不一致位置 4. 标记章节职责风险，特别是 `Introduction` 泄露结果、`Results` 过度解释、`Discussion` 复述结果的段落 5. 标记 `Introduction` 中核心观点、核心痛点、核心问题被重复表达的位置，判断哪些句子应合并、前移、后置或删除 6. 初步构建逻辑树并写入当前运行目录的 `analysis/logic-tree.md` 7. 若任务涉及全文缩写治理，按 `references/execution-guards.md` 建立 `analysis/abbreviation-inventory.md`

阶段 2：决定执行路径

`collaborative`

• 按 `config.yaml:runtime_outputs.collaborative_plan_pattern` 生成计划文件
• 计划应聚焦“缺陷与修复建议”，而不是直接给改后全文
• 计划必须显式写出 `section-role risk`
• 到此停止，不修改正文

`autonomous`

• 制定内部修订顺序
• 优先修正事实错误、数字风险和逻辑断裂
• 再做结构优化、语言润色和风格统一

阶段 3：逐节写作或修订

默认顺序：

Introduction -> Methods -> Results -> Discussion -> Conclusion ->
Additional Information -> Figure Legends -> Supplementary Materials -> Abstract

每节处理时：

1. 先读现有文本和对应图表证据 2. 先判断该节的章节职责，再用所选风格判断“应该怎么写更像作者” 3. 写句子时少用 `X: Y`、`This means: ...`、`The reason is: ...` 这类冒号解释句；除方法标签、列表、图注必要标记外，优先改成自然从句、分号或独立句 4. 写 `Introduction` 时，把核心问题、核心痛点和核心贡献分别安排在最合适的一处展开；后文只做推进或收束，不反复用近义句重说同一主张 5. 若涉及长规则判断，回到 `references/execution-guards.md` 6. 若涉及新数字，先过数字审查 7. 若命中 `Discussion audit` 触发条件，先完成专项审查，再动笔 8. 若涉及新增、删除或改写缩写，先回查 `analysis/abbreviation-inventory.md` 9. 在 `autonomous` 模式下对目标 tex 做最小必要修改，并遵守 `config.yaml:tex_readability` 10. 更新逻辑树与必要的全文一致性记录，确保局部改动没有破坏全局

处理 Figure Legends 或 Supplementary Materials 时：

• 对每个 panel 解释读图所需的最小视觉语法
• 对首次出现且不够直观的术语或缩写，补全称并给一句短定义
• 只保留帮助读图的必要方法细节，避免把整段 Methods 重复进 legend

阶段 4：终审

1. 发起 `section-role-check` 2. 完成全文一致性复核，包括数字