deer-flow
Gives you a research agent that breaks a question into parallel sub-tasks, keeps notes across sessions, and runs code safely, so you can hand off literature review and data analysis instead of doing each step yourself.
Helps researchers write and submit papers to Nature-family journals by searching and verifying literature, drafting data availability statements, finding lawful full text, and logging experiments in standard form.
Claude Code
$ npx -y skills add Yuan1z0825/nature-skills --agent claude-code
Codex
$ npx skills add Yuan1z0825/nature-skills -a codex
Cursor
$ npx skills add Yuan1z0825/nature-skills -a cursor
Gemini CLI
$ npx skills add Yuan1z0825/nature-skills -a gemini-cli
GitHub Copilot
$ npx skills add Yuan1z0825/nature-skills -a github-copilot
OpenCode
$ npx skills add Yuan1z0825/nature-skills -a opencode
Windsurf
$ npx skills add Yuan1z0825/nature-skills -a windsurf


在线网站 · 立即安装 · 快速开始 · 技能索引 · 其他安装 · 贡献方式 · English
Nature Skills 网页版:内置 Nature Polishing(论文润色)与 Nature Figure(科研绘图)核心功能,访问地址 https://natureskills.cn
nature-skills 面向全球 AI 学者收录可复用科研技能,强调真实问题解决、可验证工作流与可直接使用的科研产物。
npx skills 安装方式大家好,我是 nature-skills 的创立者袁一哲。感谢大家持续关注本项目。我们在抖音更新了许多视频教程,大家可以根据名称检索查看,希望能够真正帮助到科研工作。
严格筛选渠道商,提供完全正规的充值渠道与服务。欢迎访问 Nature AI 充值卡网(已上线plus一年代充,Pro5x,20x等等):
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知识星球名称:Nature Skills 以及背后的哲学,以加入知识星球代替打赏。
如有商务合作意向,欢迎发送邮件至 natureskills2026@outlook.com。
| 开发者 | 项目角色 | 主要方向与贡献 | 主页与联系 |
|---|---|---|---|
| 袁一哲 | 创始人 / 维护者 | 项目发起、技能体系设计与社区运营 | — |
| 马昕瑞 | 核心开发者 | 核心开发、架构维护 | Gmail |
| 胡彬 | 主要贡献者 | Agentic Agent |
安装完成后,可以直接把论文、段落、审稿意见或任务描述交给 Agent。下面这些提示词可以直接复制使用:
| 想做什么 | 直接这样说 |
|---|---|
| 读论文 / 中英文对照 | 把这篇 PDF 做成图文对应的中英文对照 Markdown reader。 |
| 生成文献汇报 PPT | 把这篇论文做成中文组会汇报 PPT,保留关键图件和来源标注。 |
| 润色或翻译论文段落 | 把这段中文改写成 Nature 风格英文,保持学术含义不变。 |
| 写摘要、引言或讨论 | 根据这些结果和图件,帮我起草 Nature 风格的摘要和引言。 |
| 预投稿审稿模拟 | 从 Nature 审稿人视角评估这篇稿件,给出三份互盲 reviewer reports;全部定稿后再综合。 |
| 回复审稿意见 | 根据这封返修邮件,为每位互盲审稿人分别写逐点回复和 cover letter,并标出修改稿需要标红的位置。 |
| 查文献、他引和引用者画像 | 整理这篇文章的引用数、严格他引数、DOI,并看引用者里有没有院士、Fellow 或领域大牛。 |
| 做科研图或论文示意图 | 根据这段方法和结果,帮我生成投稿级科研图或论文示意图草稿。 |
如果你不确定该用哪个技能,直接描述任务即可;如果已经知道技能名,可以在提示词中明确写“使用 nature-reader”或“使用 nature-response”。
nature-skills 是一组围绕 SKILL.md 组织的可复用技能包。skills/ 下的每个顶层技能目录都是一个可安装单元,例如 nature-*;nature-shared 是供其他技能读取的共享支持包,默认不作为独立触发技能计入技能索引。
npx skills 安装方式需要先安装 Node.js 18 或更高版本。无需全局安装 CLI;先查看仓库中可安装的技能名:
npx skills add Yuan1z0825/nature-skills --list
优先按当前任务选择需要的技能,并保留其共享依赖。只为当前项目安装时,省略 --global;需要跨项目使用时再加上它。例如:
npx skills add Yuan1z0825/nature-skills --agent codex --skill nature-figure --yes --copy
单独安装 nature-reader、nature-paper2ppt、nature-polishing 或 nature-writing 时,同时选择共享支持包:
npx skills add Yuan1z0825/nature-skills --global --agent codex \
--skill nature-reader --skill nature-shared --yes --copy
如果确实需要完整技能集,也可以全局安装到 Codex。全量选择包含 nature-shared:
npx skills add Yuan1z0825/nature-skills --global --agent codex --skill '*' --yes --copy
需要把全部技能安装到 CLI 支持的所有 agent 时,使用:
npx skills add Yuan1z0825/nature-skills --all
检查全局安装结果并更新:
npx skills list --global --agent codex --json
npx skills update --global --yes
只更新一个技能,或只更新当前项目中的技能:
npx skills update nature-reader --global --yes
npx skills update --project --yes
技能选择参数使用 --list 显示的 frontmatter 名称;例如目录 nature-proposal-writer 当前显示为 researchwrite。npx skills 管理的是技能文件,Python、R、浏览器或 MCP 等可选运行依赖仍需按下文说明单独配置。
Claude Code 不能直接使用 scripts/update-codex-skills.sh,因为这个脚本只负责同步到 Codex 的 ~/.codex/skills/。用于 Claude Code 时,推荐保留一个稳定的本地 clone,再用 subagent 或 slash command 指向真实的 skills/*/SKILL.md。这样不会破坏技能目录结构,也能继续读取 references/、static/、manifest.yaml、脚本、资产和 skills/nature-shared/。
如果还没有安装 Claude Code:
npm install -g @anthropic-ai/claude-code
claude
先把仓库 clone 到一个稳定路径:
mkdir -p ~/ai-skills
cd ~/ai-skills
git clone https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git
推荐方式:为常用技能创建 Claude Code subagent wrapper。以 nature-reader 为例:
mkdir -p ~/.claude/agents
cat > ~/.claude/agents/nature-reader.md <<'EOF'
---
name: nature-reader
description: Use for Chinese-English paper reading, figure-aware translation, and source-grounded paper notes.
---
When invoked, first read `~/ai-skills/nature-skills/skills/nature-reader/SKILL.md` and follow it as the governing workflow.
Read supporting files from `~/ai-skills/nature-skills/skills/nature-reader/` and `~/ai-skills/nature-skills/skills/nature-shared/` only when needed.
Do not replace this skill with a generic paper-reading response.
EOF
然后开启新的 Claude Code 会话,直接请求使用这个 subagent:
Use the nature-reader subagent to turn this paper into a Chinese-English Markdown reader.
如果你更喜欢 slash command,也可以创建命令 wrapper:
mkdir -p ~/.claude/commands
cat > ~/.claude/commands/nature-reader.md <<'EOF'
Read `~/ai-skills/nature-skills/skills/nature-reader/SKILL.md` first and follow it strictly.
Read directly needed supporting files from `~/ai-skills/nature-skills/skills/nature-reader/` and `~/ai-skills/nature-skills/skills/nature-shared/`.
$ARGUMENTS
EOF
在 Claude Code 中使用:
/nature-reader 把这篇论文做成中英文对照的完整 Markdown reader。
安装其他技能时,把示例中的 nature-reader 换成对应目录名即可,例如 nature-polishing、nature-writing、nature-reviewer、nature-response 或 nature-figure。后续更新只需要:
cd ~/ai-skills/nature-skills
git pull
只要 wrapper 仍然指向这个稳定 clone 路径,就不需要重复复制技能文件。
自动更新(可选)
如果你希望 Claude Code 每次开启会话时自动拉取上游更新,可以用 scripts/autoupdate-skills.sh 配合一个 SessionStart 钩子。
这套方式把技能直接复制进 ~/.claude/skills/(Claude Code 会自动发现该目录,技能以目录名直接加载),而不是使用上面的 wrapper。两种方式二选一即可。
先保留一个专用的稳定 clone(只用于同步技能,请不要在里面做开发提交):
mkdir -p ~/ai-skills
git clone https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git ~/ai-skills/nature-skills
首次安装,把技能复制进 Claude Code 的技能目录:
~/ai-skills/nature-skills/scripts/autoupdate-skills.sh --force
然后在 ~/.claude/settings.json 里加一个 SessionStart 钩子(若已有 hooks,把这一项合并进去,不要整体覆盖):
{
"hooks": {
"SessionStart": [
{
"hooks": [
{
"type": "command",
"command": "$HOME/ai-skills/nature-skills/scripts/autoupdate-skills.sh",
"async": true,
"timeout": 120
}
]
}
]
}
}
async: true 让它在后台运行、不阻塞启动。脚本自带保护:默认 1 小时内不重复联网检查、断网或拉取失败自动跳过(exit 0,绝不卡住会话)、上游变化或安装目录发生漂移时重新同步、并且拒绝在有未提交改动的 clone 上强行前进。拉到的新版会在下一次开启会话时生效(当前会话的技能已经加载完毕)。每个安装目标使用独立日志,路径为 ~/.local/state/nature-skills/<目标目录编号>/autoupdate.log。
目标目录与检查频率都可配置:
# 默认同步到 ~/.claude/skills;用 --dest 指到别处,例如 Codex:
~/ai-skills/nature-skills/scripts/autoupdate-skills.sh --dest ~/.codex/skills
# 最多每小时联网检查一次;每次运行仍会校验本地安装:
~/ai-skills/nature-skills/scripts/autoupdate-skills.sh --throttle 3600
需要安装或更新完整技能集时,可以使用仓库自带脚本。脚本会同步 skills/ 下所有顶层技能目录,并在复制后做 diff 验证;它不会覆盖其他无关 Codex skills。只需要部分技能时,使用上面的 npx skills 按需安装方式。
git clone https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git
cd nature-skills
scripts/update-codex-skills.sh --pull
如果已经 clone 过仓库:
cd nature-skills
scripts/update-codex-skills.sh --pull
验证当前 Codex 安装是否和这个 checkout 一致:
scripts/update-codex-skills.sh --check
如果你长期用这个脚本更新,并希望清理上游已经删除的旧技能目录:
scripts/update-codex-skills.sh --pull --prune
--prune 只会删除以前由这个脚本记录过、但当前仓库已经不再包含的目录。第一次运行没有历史记录时,它不会猜测删除旧目录。
也可以把仓库链接交给 Codex,让 Codex 执行安装脚本。推荐提示词:
请从这个仓库安装 Codex skills:
https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git
请 clone 仓库后运行 scripts/update-codex-skills.sh --pull。
安装后再运行 scripts/update-codex-skills.sh --check 验证。
请保留 skills/ 下的完整技能目录,不要只复制 SKILL.md。
如果只安装单个技能,请明确说明技能名:
只安装这个仓库里的 nature-reader:
https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git
如果该技能需要共享文件,也请一并安装 skills/nature-shared。
关键规则:保留完整目录结构。请复制或引用整个技能文件夹,而不是只复制 SKILL.md,因为许多技能依赖 references/、static/、manifest.yaml、脚本、资产或共享文件。
安装脚本不会自动安装 Python 依赖。需要使用相关脚本或 MCP 服务时,再按需安装:
python -m pip install -r skills/nature-paper-to-patent/requirements.txt
python -m pip install -r skills/nature-paper-to-patent/scripts/disclosure/requirements-cnipa.txt # 可选:国知局公布公告检索
python -m pip install -r skills/nature-academic-search/mcp-server/requirements.txt
如果启用 nature-paper-to-patent 的国知局公布公告检索,还需要执行 python -m playwright install chromium。
nature-academic-search 的 MCP 服务还需要单独配置 PUBMED_EMAIL,Scopus / ScienceDirect 等可选 provider 需要使用本机凭据配置,不要把 API key 写入仓库文件。
安装后,请开启一个新的 Codex 会话,然后自然描述任务,例如:
把这篇论文做成中英文对照的完整 Markdown reader。
把这篇论文做成中文PPT。
如果你使用 OpenClaw、OpenCode、Hermes 等开源 agent / 编程框架,请看 OpenClaw / OpenCode / Hermes 接入教程。
自动更新(可选)
Codex 支持全局 SessionStart hook。保留一个专用 clone 后,可以在每次启动或恢复 Codex 会话时检查更新,并把新版同步到 ~/.codex/skills/。
See 12 nature-skills alternatives
Gives you a research agent that breaks a question into parallel sub-tasks, keeps notes across sessions, and runs code safely, so you can hand off literature review and data analysis instead of doing each step yourself.
Researches what people say about a topic over the last month by pulling posts and engagement from Reddit, X, YouTube, TikTok, Hacker News, Polymarket, GitHub, and the web. Useful for tracking current discussion on any subject.
Helps researchers move a project through the academic pipeline, from literature search and citation handling to drafting, reviewing and checking a paper, with you confirming each stage. You stay the author of every claim.
Gives AI agents a library of ready-made skills for scientific research, covering areas such as bioinformatics, cheminformatics, literature review and molecular dynamics. Each skill lets the agent run a specialized analysis or query a scientific database instead of writing that workflow from scratch.
Install it with the command on its page. It includes nature-academic-search, nature-citation, nature-data. Its skills do not fire on their own yet. Free and open source.
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